Игра начиналась с простой истории двух братьев с врожденными наноимплантами, работавших в антитеррористической организации UNATCO, затем принимала лихой поворот, проводила игрока через сеть мировых заговоров и неожиданных ситуаций, а в итоге давала вершить судьбы человечества.